O Centro de Documentação Jesuítica, espaço onde os visitantes poderão pesquisar centenas de importantes documentos catalogados e digitalizados. A Sala, dedicada a estudos e reflexões sobre a vida de São José de Anchieta, dos Jesuítas e dos “Ameríndios”, apresenta material único sobre todo o processo de canonização e tem acesso liberado após passar pela bilheteria do museu. A interatividade está garantida com computadores e novas mídias.